2015年8月12日，云南省教育厅对此作出回应。经查，该事件是由云南新兴职业学院与大理农业学校违规合作办学，云南新兴职业学院和云南三鑫职业技术学院不严格执行国家招生政策、违规招生引起。云南省教育厅表示将依法依规严肃追责。调查组已要求云南新兴职业学院按期开学，开学后涉及的所有学生在新兴职业学院上课和食宿。同时，责令云南新兴职业学院、云南三鑫职业技术学院、大理农业学校三校彻底清理涉及学生的学籍、专业等情况。
云南省教育厅表示，将在核查违规招生和违规合作办学事实的基础上，根据调查结果，依法依规严肃追究当事人责任，责成学校依据相关规定对违规招生的工作人员进行严肃处理，并依法依纪依规全程监管、指导三校做好涉及学生学籍处理工作，切实保障好、维护好学生和家长的合法权益。[3]
评论观点;经济日报：学籍掉包不是一起孤立的事件，从表面看是民办高校的生源不足所面临的发展困境，实质上却是一些民办高校打着“联合办学”“合作办学”的幌子，搞利益分账，暴露出监管的失灵和教育主管部门信息化工作的滞后。为此，要依法依规严肃追究当事人责任，对违规违纪行为绝不姑息；相关部门也应积极寻找解决办法，让学生学籍回“家”。同时，也要清理整顿民办学校违规合作办学，进一步规范民办学校办学行为，避免类似的事件再次上演。